Desde el punto de vista geomorfológico, el relieve del municipio de Jobabo se clasifica como predominantemente llano, aunque salpicado por elevaciones de diversa magnitud. Entre ellas sobresale la loma “El Jengibre”, conocida popularmente como “la Loma de San José”, cuya cumbre alcanza los 144 metros sobre el nivel del mar y resguarda en sus profundidades yacimientos auríferos. Otra elevación relevante se localiza en la zona de “El Grillo”, que da nombre al paraje, junto a otras formaciones menores diseminadas en los alrededores de San José y en distintas áreas del territorio.

Puede afirmarse que el predominio de las llanuras se acentúa hacia la porción sur del municipio, delimitada por el trazado ferroviario que conecta el territorio con los municipios de Colombia y Río Cauto —este último en dirección a la costa—, mientras que el resto del paisaje exhibe una topografía más variada. En la franja costera dominan los esteros, terrenos bajos y cenagosos, donde destacan como principales accidentes geográficos los deltas de los ríos Jobabo, Tana y Ojo de Agua.

Destaca el Río Jobabo

La red fluvial está compuesta por ríos de escaso caudal, en su mayoría deteriorados y secos durante largas temporadas, que solo recobran parcialmente su flujo en los breves períodos lluviosos. La excepción es el río Jobabo, el cual, pese a encontrarse también afectado, mantiene su cauce activo y, en ciclos de lluvias prolongadas, tiende a desbordarse provocando inundaciones en zonas aledañas. Su longitud alcanza los 61,1 kilómetros. La población de Jobabo se concentra mayoritariamente en la zona centro-norte del municipio; la cabecera municipal agrupa cerca del 50 % del total de habitantes, mientras que en el entorno rural destacan asentamientos de alta densidad poblacional como El 12, San Antonio, Sirvén y Mejías.